جعفر توفیقی مسئول کارگروه آموزش عالی رئیسجمهور و وزیر علوم دولت اصلاحات طی حکمی از سوی حسن روحانی به سرپرستی وزارت علوم منصوب شد.
پیش از این در جریان رای گیری تایید صلاحیت وزرای پیشنهادی دولت یازدهم، جعفر میلی منفرد وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم موفق به کسب آرای لازم از مجلس نشد.
میلی منفرد وزیر پیشنهادی علوم تحقیقات و فناوری، با ۱۰۵ رای موافق، ۱۶۲ رای مخالف و ۱۵ رای ممتنع، رای اعتماد نگرفت.
در همین خصوص بر اساس گزارش سایت های داخلی، جعفر توفیقی از سوی حسن روحانی به عنوان سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منصوب شده است.
وی مسئول کارگروه آموزش عالی رئیس جمهور و گزینه ی اصلی وزارت علوم محسوب می شد که به دلیل فشار گروه های تند رو از کابینه کنار گذاشته شده بود.
در روزهای گذشته نیروهای تندرو وابسته به حاکمیت حملات تندی علیه گزینه های مطرح وزارت علوم مانند جعفر توفیقی و جعفر میلی منفرد انجام داده بودند.
جغعر توفیقی وزیر سابق علوم در دوران دوم اصلاحات و مسئول کارگروه تدوین نظرات و پیشنهادات کارشناسان برای انتخاب وزیر علوم، معاونت علمی و فناوری رییس جمهور و رییس جهاد دانشگاهی شناخته می شود.
جعفر توفیقی، که رئیس ستاد انتخاباتی محمدرضا عارف، در انتخابات ریاست جمهوری بود در دور دوم ریاست جمهوری محمد خاتمی پس از استعفای مصطفی معین در سال ۱۳۸۲ به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری انتخاب شد.
جانشین معین، جعفر توفیقی، ۵۸ ساله و دارای دکتری تخصصی مهندسی شیمی از دانشگاه پلی تکنیک بخارست و هم اکنون عضو هیات علمی دانشگاه تربیت مدرس است.
ریاست دانشکده مهندسی دانشگاه تربیت مدرس در بین سال ها ۶۶-۶۹، معاونت وزیر آموزش و پرورش، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در سال های ۷۶ تا ۸۲ و ریاست دانشکده انرژی دانشگاه صنعتی شریف بین سال های ۸۶ تا ۸۹ از دیگر سوابق اجرایی آقای توفیقی است.
در روزهای بعد از انتخابات ۹۲ توفیقی در گفتگو با روزنامه اعتماد گفته که یکی از اولویت دار ترین مسائل، نقض استقلال دانشگاه ها در دوره گذشته وزارت علوم است و دانشگاه های ایران هم باید از ضوابط و مقررات هیات امنای خودشان تبعیت کنند.
توفیقی خواستار استقلال دانشگاه ها در زمینه جذب هیات علمی و دانشجویان دکتری شده، امری که در سال های گذشته به شدت توسط وزارت علوم کنترل می شد. وی از اعلام شاخص های فرهنگی برای ارتقای اساتید انتقاد کرده است و تعطیلی رشته ها دانشگاهی را ناپسند می داند.
وزیر سابق علوم گفته است که با هرگونه سهمیه بندی جنسیتی و تفکیک جنسیتی مخالف است ولی از دانشگاه های تک جنسیتی به عنوان گزینه های موجود و اختیاری دفاع می کند. توفیقی با بیان اینکه با ادامه تحصیل دانشجویان نباید برخوردهای سیاسی شود گفته که اگر موردی در این سال ها بوده حتما باید در آن تجدیدنظر شود و هیچ کس را به دلیل عقاید سیاسی نباید از تحصیل محروم کرد.
توفیقی با اشاره به ستاره دار کردن دانشجویان گفته که اصلا برازنده دانشگاه ها نیست که در افکار عمومی جا بیفتد دانشجویی به خاطر طرز فکر سیاسی از ادامه تحصیل محروم شده است. به همین دلیل دولت آینده باید تجدید نظری در این زمینه داشته باشد.
پیش از معرفی وزرای دولت یازدهم به مجلس به نظر می رسید تمایل حسن روحانی به جعفر توفیقی هم بیشتر از سایر گزینه ها باشد که حسین شریعتمداری در کیهان شدیدا به وی تاخته و از تسخیر وزارت علوم توسط اصحاب فتنه انتقاد کرده است. شریعتمداری گفته که «ج.ت» عامل دشمنان بوده و قصد دارد پیشرفت علمی ایرانیان را متوقف کند. به نظر می رسد اما مجلس بهانه ای برای ردصلاحیت وی نخواهد داشت.