قرائتی با بیان اینکه اکنون سرطان اخلاقی در دانشگاه‌های ما رواج پیدا کرده است و از نظر اخلاقی در حال سقوط هستیم، مدعی شد: آرایش دختران سبب سلب تمرکز علمی سایر دانشجویان می‌شود.
وی از اینکه حتی برخی «خواص» هم به دلیل «خودباختگی در برابر علم بیگانگان» جایگاه «علمی» قرآن را نمی‌دانند، انتقاد کرده است.
قرائتی اظهار کرده است: «یکی از اساتید دانشگاه از دانشجویان خود خواسته است که آیات قرآن را در متن پایان‌نامه و تحقیقات خود نیاورند بلکه در پاورقی بیاورند تا ارزش علمی کارشان کم نشود.»
وی همچنین در سال گذشته از مسئولان دانشگاه های کشور خواسته است تا آرایش دانشجویان را ممنوع کنند.
محسن قرائتی گفته است: که باید جز در موارد ضرورت، کلاس های درسی دانشجویان دختر و پسر از هم تفکیک شود.
قرائتی اسفند ماه سال گذشته در اظهار نظری عجیب افزایش دانشگاه ها را دلیل رشد جرم عنوان کرد.
وی مدعی شد: هنوز هيچ كس نتوانسته است به اين سؤال من پاسخ دهد كه چرا در هر كشوری دانشگاه بيشتر است، آمار جنايت نيز در آن كشور بالاتر است.
پیش از این همه فکر میکردن این جماعت مفت خورِ حرف مفت زن مغزشان معیوب است اما گویی اصلا مغزی در کار نیست. جماعت آخوندها از
وضعیت متزلزلشان بسیار هراسناک هستند و هر عاملی که باعث روشن شدن اذهان عمومی در مورد دین و متافیزیک شود تنشان را به لرزه
درمی آورد از جمله علوم مدرن که تناقضی آشکار با دین قرار دارند .این جماعت از هیچ کاری فروگزار نیستند که مانع پرورش افکار گردند اما جوانان و
دانشجویان ثابت کردند که 33 سال تلاش مداوم حکومت در سرکوب عقلانیت نتیجه نداده و در آن هوای تیره جوانه سر زد و به چنان درخت تنومندی
تبدیل شه که سایه اش زندگی ملاهای مفتخور را تیره کرده.