قرائتی، در جدیدترین اظهار نظر در تائید جداسازی دختران و پسران در دانشگاه های ایران، گفته است که «دخترها صبح به دانشگاه بروند و پسرها عصر»
قرائتی روز پنجشنبه در جلسه هفتگی سلسله مباحث درسهایی از قرآن درباره اختلاط دختر و پسر گفته است که: «من گاهی خنده‌ام می‌گیرد، مدرسه دختر و پسر از هم جداست. راهنمایی‌ها كه هنوز شهوت ندارند، از هم جداست. دبیرستانی‌ها كه شهوتشان شكوفا می‌شود، آنها هم از هم جداست، دانشجو كه شهوتش گر می‌كشد، مختلط است. آنوقت خنده این است كه یك مشت دكتر در یك اتاق نشستند، من از این دكترها خنده‌ام می‌گیرد. اسمش را اسلامی كردن دانشگاه می‌گذارند. دختر و پسر را قاطی هم كردند، در اتاق نشستند موز می‌خورند»
قرائتی سپس برای حل مشکل اختلاط جنسیتی راه حل جدیدی را پیشنهاد کرده است، وی اظهار داشت: «صبح دخترها بیایند و عصر پسرها بیایند. چه می‌شود؟ مگر یك جاهایی كه واقعاً استادش نایاب است، اضطرار است. چه اشكالی دارد. آنوقت دخترها اگر خودشان باشند، می‌توانند چادرشان را هم بردارند، روسری‌شان هم بردارند. لباس مشكی هم لازم نیست بپوشند. لباس سفید بپوشند راحت راحت هم باشند. همه خانم هستند دیگر چه اشكالی دارد؟»"
او ادامه داد: «اینكه دختر و پسر را قاطی هم می‌كنیم، بعد در تلویزیون بحث می‌گذارند رابطه دختر و پسر، آقا من راحت به شما بگویم. چون من با كسی رودروایسی ندارم
مبحث «تفکیک جنسیتی» در دانشگاه ها در دولت نهم محمود احمدی نژاد آغاز شده بود. اجرای این طرح هم اینک در برخی از دانشگاه های ایران آغاز شده است.
بسیاری از دانشگاه های ایران از جمله دانشگاه صنعتی شریف، علامه طباطبایی، بین الملل قزوین، مازندران، آزاد نجف اباد، و بسیاری دیگر در چند ماه گذشته میزبان اجرای طرح جدا سازی دختران و پسران در دانشگاه ها بوده اند.
برخی از مراجع دولتی ایران نیز در هفته های گذشته خواستار اجرای سریع طرح تفکیک جنسیتی در دانشگاه ها شده اند.