چنین طرحی که با استفاده از قدرت دولتی در دانشگاهها اعمال شده، مورد اعتراض بسیاری از فعالان جامعه مدنی و دانشگاهیان واقع شده و ضرورت آن مورد سوال و انتقاد قرار گرفته است. در واقع طرح تفکیک جنسیتی علاوه بر محدودیت و کنترل دانشجویان و ضدیت آن با آزادی های فردی و برخورد قیم مآبانه با دانشگاه، از این نظر که متضمن صرف هزینه های گزاف است و توجه دانشگاه را از برنامه ریزی برای ارتقاء سطح علمی و کیفیت آموزش، به مردانه و زنانه کردن آن مرکز علمی منحرف می نماید، نوعی جفا به سیستم آموزش عالی در کشور است و از اینرو در میان دانشجویان و دانشگاهیان فاقد ضرورت و مشروعیت است.
بانیان طرح اما برای مقابله با این بحران مشروعیت، دست به کار کسب تایید از جامعه دانشگاهی شده است تا آن را نیاز و خواست آنان جلوه دهد. در این راستا، این وظیفه به سازمان سنجش آموزش کشور سپرده شد تا در یک به ظاهر نظرسنجی این هدف رابرآورده سازد.
در فرم نظرسنجی آزمون های کارشناسی ارشد و دکترای اسفند 1391، علاوه بر پرسش در مورد نحوه برگزاری آزمون، دو سوال نیز درباره تفکیک جنسیتی در دانشگاهها گنجانده شده بود که مهمترین ویژگی سوال نخست استاندارد نبودن آن به دلیل عدم شمول آن در پوشش دادن نظر مخالفان طرح تفکیک جنسیتی و نیز سوگیری نخ نمای آن بود. در این سوال از داوطلب پرسیده شده: "با توجه به آداب و رسوم ایرانیان، تاسیس و راه‌اندازی دانشگاههای ویژه دختران در کدام یک از مقاطع سه‌گانه کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری ضرورت دارد؟" و چهار پاسخ را هم به این شرح پیش روی او گذاشته است: الف-کارشناسی ب- کارشناسی ارشد ج- دکتری د– هر سه مقطع. در این سؤال برای توجیه تاسیس و راه اندازی دانشگاههای ویژه دختران، پاسخگو به "آداب ورسوم ایرانیان" توجه داده می شود و با پنهان کردن دلایل و اهداف اصلی طرح، زیرپوشش آداب ملی سعی دارد به گمان خود از آن حساسیت زدایی کند. به نظر می رسد حتی بانیان طرح تفکیک جنسیتی در دانشگاهها از پذیرش توجیه شرعی این طرح توسط مخاطب مطمئن نبوده و چون وجاهت قانونی هم ندارد، با ارجاع به آداب و رسوم ملی و تراشیدن یک چنین توجیه موهوم و مجعولی سعی در کسب همدلی و تایید داوطلبان دارد. اما در این میان باید از طراحان پرسید کدام آداب و رسوم ایرانی؟ آیا منظور دوره هخامنشی است یا اشکانی و ساسانی و یا کمی جلوتر بیاییم عصر صفوی و قاجار؟! آیا بهتر نیست برای درک "آداب و رسوم ایرانیان" کمی به روز شد و با زمانه پیش آمد تا دریابیم انسان ایرانی معاصر لزوما مانند انسان دوره های مذکور نمی اندیشد و آن آداب و رسوم که به آن توجه می دهید، در برخورد با مسایل امروزیِ انسان معاصر کارکرد خود را از دست داده است. نگاهی به آمار ورود دختران به دانشگاه بیندازید تا متوجه شوید که انسان ایرانی تغییر کرده و از آن آداب و رسومی که به آن ارجاع می دهید بریده است. او حالا نُرم هایش با گذشته فرق کرده و نه تنها با تحصیل دختران در دانشگاه مشکلی ندارد بلکه آن را ضرورتی جدی می شناسد و اتفاقاً سخت هم به آن پابند است تا آنجا که اگر وسع اش برسد حاضر است فرزند ناکام از تحصیل در دانشگاه دولتی را به دانشگاه آزاد هم بفرستد. و این یعنی رشد و اعتلای ذهنیت انسان در این جغرافیا که متاسفانه قبولش برای طراحان تفکیک جنسیتی دشوار و ناگوار است.
دیگر اینکه، در سوالی که در سازمانی به طول و عرض سازمان سنجش آموزش کشور طراحی شده، مهمترین شرط که عدم سوگیری است زیرپا نهاده شده و به جای آنکه ابتدا ضرورت طرح جداسازی جنسیتی را مورد پرسش قرار دهد، پاسخگو را یک راست مقابل این پرسش قرار می دهد که جداسازی جنسیتی در کدام مقطع ضرورت دارد؟ این شکل طرح سوال در واقع می خواهد پاسخگو را وادار به پذیرش جداسازی جنسیتی حداقل در یک مقطع بنماید! و به این ترتیب داوطلبی که اصولاً به تفکیک جنسیتی اعتقاد ندارد یا مجبور است از پاسخگویی طفره رود و یا حداقل یک مقطع را انتخاب کند تا هدف بانیان طرح تفکیک جنسیتی که کسب مشروعیت است و گرفتن تایید دانشگاهیان، تامین شود.
نکته دیگر اینکه، هم در این سوال (ضرورت راه اندازی دانشگاههای دخترانه) و هم سوال دیگر که در مورد ضرورت راه اندازی پردیس های تک جنسیتی یا مختلط است، داوطلب را به سمتی سوق می دهد که در واقع هماهنگ با سیاست های وزارت علوم است. سیاست این وزارت یعنی راه اندازی دانشگاه دخترانه و پردیس دخترانه، مبتنی بر دیدگاه مردسالارانه ای است که مذکر را اصل و مونث را فرع می داند. در این دیدگاه دانشگاه یک فضای مردانه تلقی می شود که برای جداسازی جنسیتی باید زنان را از آن بیرون راند و روانه دانشگاه تک جنسیتی و یا پردیس دخترانه کرد اگرچه دختران 70 درصد جمعیت دانشگاه را به خود اختصاص داده باشند!
جداسازی جنسیتی که در سه دهه اخیر به جامعه ماتحمیل شده، و اکنون هم در دانشگاهها در حال اجرا و اعمال است، ایده ای است که بعد از انقلاب اسلامی، برای پیشبرد اهداف حاکمان جدید که ظاهر اسلامی را برای جامعه ضروری می دانستند، لازم الاجرا شد. مطابق دیدگاهی که از این طرح حمایت می کند، حضور زن و مرد در یک مکان، حتی در اماکن علمی و عمومی پتانسیل گناه را (که شکل گیری رابطه میان دو جنس باشد) افزایش می دهد. از این رو جداسازی جنسیتی با شدت تمام در بسیاری از فضاهای عمومی به ویژه آنها که تحت تسلط دولت است اجرا شده و همچنان رو به گسترش به اغلب فضاهای عمومی است. از سوی دیگر جداسازی جنسیتی علاوه بر تلاش برای اسلامی کردن ظاهرجامعه، نوعی مقابله با حضور اجتماعی زنان است که به حق بخشی از فضای اجتماعی را متعلق به خود می دانند و خواهان بهره مندی از امکانات عمومی موجود هستند. اما از آنجا که بانیان طرح جداسازی جنسیتی واقعیت حضور اجتماعی زنان را بر نمی تابند و خواستار کنترل و محدودیت زنان هستند، مصمم به جداسازی دو جنس در هر عرصه عمومی و اجتماعی شده اند.
دیدگاهی که قائل به جداسازی زن و مرد است، متضمن فرودستی زنان هم است. در این دیدگاه مرد اصل است و زن فرع. مرد شهروند درجه اول است و زن درجه ی دوم و از این رو مردان حق بیشتری دارند و سهم بیشتری به آنها داده می شود. یعنی اگر در مترو یا اتوبوس جداسازی انجام می شود، فضای بیشتر به مردان اختصاص داده می شود و فضای کمتر به زنان! جای بهتر به مردان داده می شود و جای بدتر و موقتی به زنان. قسمت زنانه است که از قسمت مردان منشعب و متمایز شده است. چون این دیدگاه حوزه عمومی را اصلاً متعلق به مذکر می داند. در واقع این زنان هستند که باید از مردان جدا شوند و از قلمرو مردانه به محدوده زنانه رانده شوند. دانشگاه و بیمارستان و پارک و بانک و رستوران و کافی نت و کافی شاپ اگر جدا می شود، بخش زنانه است که جدا می شود و شعبه و زیر مجموعه است و نه بخش مردانه!
حال چند سالی است که دانشگاه نیز که مرکز یادگیری و تعامل علمی در کشور است از تهاجم معتقدین به دیدگاه جدایی زن و مرد مصون نمانده و بعضی از مغزهای متفکر این دیدگاه حتی آن را مرکز فساد نامیده اند تا طرح جدایی زن و مرد توجیه شرعی پیداکند. این اتهام البته تازه نیست و در یک قرن اخیر مسبوق به سابقه بوده است که مدرسه دخترانه و سینما و غیره را اماکن فساد بنامند. این شیوه تهمت زنی، شیوه ای آشنا و مورد استفاده ی برخی از گروه های سنتی و مذهبی جامعه است که از آغاز با روند نوسازی سر ناسازگاری داشته و از این حیث احساس خطر می کرده اند و در حال حاضر هم ادامه دارد. در این سالها تفکر بدبینانه ای که به راحتی اتهام می زند و تخطئه می کند، چون کرسی قدرت را به طور کامل به چنگ آورده فرصت آن را یافته تا منویات و اهدافش را به جامعه تحمیل نماید و تفکیک جنسیتی را همچنان ضروری و لازم بداند.
دیدگاه حامی جداسازی جنسیتی، با گسترش دادن جداسازی زن و مرد به فضاهای علمی کشور، به خود اجازه داده دانشجویان و جامعه دانشگاهی را موجودات حریص و بی شعوری فرض کند که به محض قرار گرفتن در یک مکان مشترک حتی عمومی، کنترل خود را از دست داده و به "گناه" در می غلتند. این دیدگاه حضور جوانان دختر و پسر در کنار هم در دانشگاه را نه یک فرصت برای تعاملات علمی و اجتماعی بلکه خطری سهمگین برای اخلاقیات متظاهرانه خود می شمارد که حفظ آن تنها با محدودیت و محرومیت امکان پذیر می شود.
سرانجام باید گفت، طرح تفکیک جنسیتی که ظاهراً برای اسلامی شدن فضای دانشگاه و به طور کلی جامعه در حال اجراست، هدف و نتیجه نهایی اش به عقب راندن زنان و نقض حقوق انسانی آنهاست. بانیان جداسازی جنسیتی زنان را نه به عنوان نیمی ازجامعه بلکه همچون اقلیتی می شناسد که باید محدود و کنترلش کرد و در چهار دیواری خانه و در محدوده ی خانواده به ارائه خدمات خانگی و وظایف مادری و همسری مجبورش نمود، غافل از اینکه با بخشنامه و اعمال قدرت جابرانه نمی توان به جنگ واقعیات و تغییرات اجتماعی رفت. زنان نیمی از اجتماع هستند واقعیت حضورشان را باید پذیرفت و سهم شان را باید پرداخت.